Nach einer Verletzung oder Operation eines Sportlers muss dieser stufenweise an das ursprüngliche Training herangeführt werden. Für die verschiedenen Regenerationsphasen bieten sich verschiedene Trainingsmethoden an. Werden diese adäquat eingesetzt, kann der Sportler eine optimale Genesung erfahren und anschließend wieder in das Training einsteigen. Der Trainingsplan lässt sich in verschiedene Schritte unterteilen:

1. Verhinderung der Atrophie der verletzten Muskulatur: ​ Eine passive Mobilisierung der Muskulatur (z.B. durch einen Physiotherapeuten) sollte nach der Operation oder Verletzung, so früh wie es die beschädigte Körperpartie zulässt, erfolgen. Dadurch bleibt die Beweglichkeit erhalten und der Atrophie der Muskulatur wird entgegengewirkt. Sobald diese Körperpartie wieder belastet werden darf, sollte diese Belastung auch erfolgen. Es kann mit einer isometrischen Belastung wie bei der „statisch-dynamischen Methode“ mit geringer Intensität begonnen werden. Diese Methode wird verwendet bis der Sportler mit konzentrischem Krafttraining mit etwas höherer Intensität beginnen kann. Auch dieses konzentrische Krafttraining erfolgt mit geringen Widerständen.
2. Muskelausdauertraining mit geringer Intensität: Bei dem Muskelausdauertraining wird, wie beim Trainieren der Kraftausdauer, mit geringer Intensität und einem hohen Bewegungsumfang trainiert. Durch den hohen Bewegungsumfang wird vor allem das Zusammenspiel der Muskulatur verbessert und der Muskel wieder an den Muskelstoffwechsel bei höherer Belastung herangeführt. Außerdem kommt es beim Training im Kraftausdauer- und Ausdauerbereich zu einer erhöhten Durchblutung der Muskulatur, was die Regeneration zusätzlich anregt.
3. Muskelaufbautraining: Das Hypertrophietraining dient dazu die „verlorengegangene“ Muskulatur wieder zurückzugewinnen und neue Muskelmasse aufzubauen. Als Hypertrophietraining bieten sich verschiedene Methoden an. Möglich wäre ein Einstieg in das Training mit der Standardmethode, welche eine Intensität von 70-85% verlangt. Anschließend kann darauf aufbauend auch die Bodybuildingmethode oder das Pyramidentraining verwendet werden.
4. Maximalkrafttraining: Nach dem Hypertrophietraining erfolgt ein IK-Training zur Verbesserung der intramuskulären Koordination. Diese intramuskuläre Koordination kann mit der „Methode hoher und höchster Intensität“ und auch der „Methode reaktiver Belastung“ verbessert werden.
5. Reaktiv- und Schnellkrafttraining: Nachdem die ersten 4 Phasen absolviert wurden, kann der Sportler wieder plyometrisches Training in das Krafttraining integrieren, um die Schnellkraft und Reaktivkraft rückgewinnend zu schulen.
6. Sportartenspezifisches Krafttraining: Abschließend kann wieder sportartenspezifisches Krafttraining absolviert werden. Dieses entspricht den Anforderungen und Bewegungsabläufen der jeweiligen Sportart.

Es gibt derzeit zwei Theorien, die das Zustandekommen von Hypertrophie erklären: Die metabolisch begründete Energiemangel-Theorie und die Theorie des mechanischen Repairs. Für beide Theorien gibt es wissenschaftliche Belege, sodass ein Zusammenspiel beider Theorien denkbar ist.

Nach der Energiemangel-Theorie wird durch eine submaximale Kraftbelastung bis zur Ermüdung vorübergehend eine negative Proteinbilanz hergestellt. Nach der Belastung wird der Proteinstoffwechsel angekurbelt und die Proteinsynthese übersteigt den Proteinabbau während der Belastung. Somit erfolgt ein Mehraufbau von Muskulatur.

Nach dem mechanischen Repair kommt es im Rahmen einer ausreichend hohen Belastung der Muskulatur zu Mikroverletzungen in den Muskelfasern. Diese Mikro­traumata werden nach dem Training repariert, sodass es zu einer Querschnittsvergrößerung des Muskels kommt.