Bei der Endproduktrepression ist das Ziel die Herstellung eines Stoffes, der in der Zelle in einer bestimmten Konzentration vorliegen soll. Im Folgenden wird der Mechanismus der Endproduktrepression anhand der namensgebenden Aminosäure Tryptophan erklärt. Diese ist ein Baustein von Peptiden und somit essenziell für die Proteinbiosynthese. Da Tryptophan stetig um- und eingebaut wird, muss ein gewisser "Vorrat" vorhanden sein. Jedoch sollte ein Maximum nicht überschritten werden. Das Prinzip der Endproduktrepression beruht darauf, dass Tryptophan in hoher Konzentration seine eigene Synthese hemmt. Dies funktioniert wie folgt:

Das Regulatorprotein ist von Natur aus inaktiv, bindet also nicht an den Operator. Somit können die Strukturgene abgelesen und Enzyme, die an der Tryptophansynthese beteiligt sind, hergestellt werden. Liegt ausreichend Tryptophan in der Zelle vor, bindet es an das Regulatorprotein und aktiviert dieses. Die Synthese der Enzyme wird so lange gehemmt, bis die Konzentration wieder unter ein Minimum fällt und das Regulatorprotein sich von dem Operator löst. Dies ist natürlich kein ständiges "up and down", da solche Vorgänge immer auf Bindungswahrscheinlichkeiten beruhen. So bleibt die Konzentration nahezu durchgehend konstant.