Bakterien bilden die einfachste Lebensform dieser Erde. Sie sind Einzeller und besitzen keinen Zellkern. Daher zählen sie zu den Prokaryoten. Die DNA „schwimmt“ vielmehr als Bakterienchromosom und in Form kleinerer Plasmidringe frei im Cytoplasma umher und wird nicht von einer Membran umgeben (siehe Abbildung). Daher spricht man von fehlender Kompartimentierung. Unter Kompartimentierung wird die Bildung voneinander getrennter Räume innerhalb der Zelle verstanden.

Dadurch lassen sich die Unterschiede in der Proteinbiosynthese zwischen Bakterien und Eukaryoten erklären. Bei Eukaryoten läuft die Proteinbiosynthese räumlich und zeitlich getrennt ab, da die Prä-mRNA erst prozessiert und gespleißt werden muss. Bei Prokaryoten ist dies nicht notwendig, da die DNA frei im Cytoplasma vorliegt. Bakterien transkribieren sozusagen bereits fertige mRNA. Noch während an einem Ende die mRNA wächst, können am fertigen Ende bereits Ribosomen zur Translation ansetzen. Durch die fehlende räumliche Trennung findet auch keine zeitliche Trennung statt. Bakterien besitzen somit eine vereinfachte und schnellere Proteinbiosynthese, die aber auch deutlich anfälliger für Fehler ist. Ein weiterer Unterschied besteht darin, dass Bakterien, wie alle Prokaryoten, 70S-Ribosomen besitzen. Die Angabe S steht für Sedimentationskoeffizient, eine Messmetode zur Angabe der Dichte der Ribosomen. Die strukturellen Unterschiede werden bei der Erklärung von Antibiotika noch einmal wichtig.

Da Bakterien Einzeller sind und sich in keinem schützenden Organismus befinden, müssen sie sich nach außen durch eine Zellwand schützen. Des Weiteren besitzen Bakterien Geißeln auf ihrer Oberfläche, die ihnen durch propellerartige Bewegungen die Fortbewegung ermöglichen. Menschliche Zellen hingegen benötigen keine Zellwand, da sie durch weitere, extra angelegte Zellen geschützt werden (z.B. Hornhaut und Schleimhäute).

Die Fortpflanzung von Bakterien funktioniert durch Zellteilung. Da diese teilweise sehr schnell und häufig abläuft, muss die DNA ständig zur Replikation bereit sein. Es ist daher von Vorteil, dass sie frei im Cytoplasma und nicht gut verpackt und geschützt in einem Zellkern vorliegt. Die Bakterien sind dadurch anfälliger für Mutationen. Dies ist bei Einzellern nicht weiter schlimm, da von einer negativen Mutation nur eine Zelle betroffen wäre. Mutationen sind sogar ein wichtiger Prozess zur Erweiterung der genetischen Vielfalt. Mutationen werden somit fast ausschließlich weitergegeben, wenn sie einen Überlebensvorteil bieten (Beispiel: Antibiotikaresistenzen).