Protozoen („Urtierchen“) sind einzellige Organismen und gehören zu den Eukaryoten. Sie teilen viele Ähnlichkeiten mit tierischen Zellen und besitzen einen echten Zellkern, Mitochondrien und andere Organellen (Abbildung 1). Protozoen pflanzen sich durch Zellteilung fort und können als Parasiten auch Urheber verschiedener Krankheiten sein. So löst das Protozoon Toxoplasma gondii die Toxoplasmose aus. Plasmodien verursachen Malaria und Trypanosoma brucei die Schlafkrankheit.

Krankheiten können auch durch Pilze ausgelöst werden. Dabei meint man aber nicht die klassischen Speisepilze, sondern einzellige Organismen, wie z. B. Hefen (Abbildung 2). Pilze sind, wie die Protozoen auch, Eukaryoten, besitzen also einen echten Zellkern und Zellorganellen. Sie können sich durch Sprossung oder Zellteilung vermehren und sind weder pflanzliche noch tierische Zellen. Tatsächlich können sie Eigenschaften von beiden Bereichen tragen. Beim Menschen und den Tieren befallen sie hauptsächlich die Haut und Schleimhäute und können beispielsweise Soor (weiße Beläge auf dem betroffenen Areal, ausgelöst durch die Vermehrung der Pilze) auslösen.

Neben den einzelligen Mikroorganismen können auch Mehrzeller Krankheiten auslösen. Zu diesen Mehrzellern gehören Würmer. Sie leben als Parasiten im menschlichen Körper und nutzen den Menschen entweder als Zwischenwirt für die Larvenentwicklung oder als Endwirt für die reifen Würmer. Beispiele sind Bandwürmer oder Spulwürmer (Abbildung 3). Parasiten werden grundsätzlich über IgE-Antikörper und Histamin als Botenstoff abgewehrt. Da durch die starke Hygiene in den westlichen Staaten eine Wurminfektion bzw. ein Parasitenbefall grundsätzlich selten geworden ist, werden durch das Immunsystem vermehrt harmlose Substanzen, wie Blütenpollen, attackiert. Auf diese Weise entstehen Allergien (mehr dazu im nächsten Kapitel).