Um das Eindringen von äußeren Krankheitserregern zu verhindern, hat der Körper verschiedene Schutzbarrieren entwickelt, die auf physikalischem und chemischem Wege wirken. So dienen die Haut und die Schleimhäute als mechanische Barrieren.

Sie verhindern allerdings nicht nur physikalisch das bloße Eindringen, sondern werden noch weiter durch bakterienhemmende Sekrete (Magensäure, Schweiß, Lysozym etc.) unterstützt, die man als chemische Barrieren bezeichnet. Diese sind besonders bei Körperregionen wichtig, die nicht durchgängig von einer festen Haut geschützt werden können (z. B. Augen, Magen-Darm-Trakt).

Daneben stellen harmlose und sogar nützliche Mikroorganismen (z. B. Bakterien), die unsere Haut und Schleimhäute besiedeln (Normalflora oder symbiontische Flora; die Gesamtheit aller Mikroorganismen eines Organs oder eines Organismus bezeichnet man auch als Mikrobiom), eine biologische Barriere dar. Sie verhindern, dass sich schädliche Erreger (Pilze, Bakterien etc.) ansiedeln und uns „krank machen“. Vor allem bei der vaginalen Geburt, wird das neugeborene Kind mit dem Vaginalschleim der Mutter überzogen und nimmt so das Mikrobiom der Scheidenflora mit. Es schützt das Neugeborene als biologische Barriere. Kindern, die per Kaiserschnitt zur Welt kommen, fehlt jedoch dieses Mikrobiom. Die Anfälligkeit für Autoimmunerkrankungen ist dadurch oft erhöht. Beispiele für das Auftreten solcher Barrieren finden sich unter anderem in folgenden Körperregionen:

Die Haut ist im wahrsten Sinne des Wortes eine Grenzfläche von knapp 2 m², die als äußerste Hülle den Körper von der Außenwelt abschirmt. Mit ihren dicht gepackten Epithelzellen bildet sie ein schwer überwindbares physikalisches Hindernis (mechanische Barriere) für Krankheitserreger, das zusätzlich von einer dichten Hornschicht verstärkt wird. Neben der mechanischen Barriere geben Schweißdrüsen ein leicht saures Schweißsekret ab (chemische Barriere), das wie ein „Säurepanzer“ Bakterien abwehrt. Übermäßiges Händewaschen (mit Seife) wäscht diese Säurebarriere ab und verringert so den Schutz der Haut. Auch trockene und rissige Haut schützt nur unzureichend vor dem Eindringen von Erregern, da Erreger über kleine Risse in die Haut eindringen können. Daher sollte die Haut stets gepflegt und eingecremt werden.

Die Schleimhäute (auch Mukosa genannt) kleiden alle weiteren Grenzflächen aus, die zum Körperinneren führen (z. B. Augen, Atemwege, Verdauungstrakt). Sie machen rund 600 m² aus und sind von einem speziellen Epithel ausgekleidet, das unter anderem einer optimalen Immunabwehr dient. Der Aufbau dieses Epith­els unterscheidet sich abhängig von der Funktion und Lokalisation des jeweiligen Organs. Die Bronchien sind beispielsweise mit Flimmerepithel ausgestattet. Dieses sondert eine schützende Schleimschicht (Mukus) ab, in der sich körperfremde Partikel (Pollen, Bakterien, Pilze, Viren) verfangen können. Das Flimmerepithel schlägt zudem rhythmisch und befördert so den Schleim samt körperfremde Bestandteile zurück zum Mund. Man kennt dies bei Erkältungen, wenn man beim Husten den typischen Auswurf ausspuckt. Auch Niesen, Erbrechen und Durchfall sind Möglichkeiten des Körpers, Fremdkörper oder Gifte schnell „loszuwerden“.

Das Auge ist ein besonders „immunprivilegiertes Organ“. Das bedeutet, dass es eine besondere immu­n­ologische Umgebung gebildet hat, die vom konventionellen Immunsystem abweicht. Dies ist wichtig, da eine ausgeprägte Entzündung mit einer starken Immun­antwort das umliegende, gesunde Gewebe schädigt. Das ist zwar auch bei anderen Organen der Fall, allerdings ist das Auge nur begrenzt regenerationsfähig. Eine starke Entzündung würde daher nachhaltig die Organfunktion beeinträchtigen (Sehbehinderungen). Auch andere Organe, die nur limitiert regenerationsfähig sind, besitzen ein „Immunprivileg“. Dazu zählt man unter anderem das zentrale Nervensystem, die Leber, die Nebennieren, die Ovarien und die Hoden. Das Auge besitzt daher die Bindehaut als mechanische Barriere, die das Eindringen von Erregern behindert (mechanische Barriere). Außerdem ist das Auge permanent durch die Tränenflüssigkeit benetzt, die das Enzym Lysozym enthält. Dieses Enzym löst die Zellwand von Bakterien auf (chemische Barriere) und schützt somit das Auge. Bakterientrümmer und Fremdkörper, die nicht vom Lysozym zersetzt werden, werden zudem durch die Tränenflüssigkeit und dem Wischeffekt des Augenlides von der Augenoberfläche entfernt.

Kalte Luft ist trockener als warme Luft und kann zur Austrocknung der Atemwege führen. Dies erleichtert die Infektion im Winter. Der Körper reagiert darauf, indem er die Nasenschleimproduktion erhöht, um die Atemluft und auch die nasalen Atemwege zu befeuchten. Daher läuft uns im Winter die Nase, wenn wir draußen sind. Rauchen schädigt ebenfalls die Barriere der Atemwege. Besonders Nikotin verfestigt den Mukus und erschwert dessen Abtransport. Erreger können sich so besser in den Atemwegen ansiedeln.

Der Verdauungstrakt ist neben der Schleimhaut als mechanische Barriere, auch durch eine chemische Barriere geschützt. Diese wird im Mundraum durch das Lysozym und IgA im Speichel dargestellt, die die Ansiedlung von Bakterien und Pilzen in der Mundhöhle verhindern. Im Magen zersetzt die stark ätzende Magensäure etwaige Erreger und die Darmwand ist durch einen basischen Mukus benetzt, der wie in den Atemwegen das Ansiedeln von Erregern verhindert. Zusätzlich besiedeln harmlose Darmbakterien (Darmflora) die Darmwand, die das Ansiedeln gefährlicher Bakterien und Pilzen verhindern (biologische Barriere). Zeitgleich leben die Darmbakterien von den im Darm befindlichen Nährstoffen, die wir mit der Nahrung aufnehmen. Es handelt sich bei der Darmflora also um eine „Win-win-Situation“ für beide Parteien. Die Darmbakterien leben in uns geschützt, schützen uns aber auch vor schädlichen Bakterien und verdauen für uns unverdauliche Nahrungsbestandteile. In der Biologie bezeichnet man dieses Zusammenleben als Symbiose. Durch den Einsatz von Antibiotika kann allerdings auch die Darmflora zerstört werden. Oftmals leidet man daher nach dem Einsatz von Antibiotika an Durchfall. Eine Darmflora-Aufbautherapie ist dann notwendig.

Die Harnwege werden stets mit Harn durchspült, sodass auch etwaige Erreger stets ausgeschieden werden. Zudem ist der pH-Wert des Urins meist leicht sauer. Da die Harnröhre bei Frauen anatomisch gesehen deutlich kürzer als bei Männern ist, ist das Aufsteigen von Krankheitserregern bei Frauen deutlich häufiger, weshalb sie auch deutlich häufiger an Blasenentzündungen erleiden.

Die Vaginalöffnung wird durch die Schleimhaut als mechanische Barriere geschützt. Milchsäurebakterien (Döderlein-Flora) besiedeln natürlicherweise die Schleimhaut der Vagina und schützen sie als biologische Barriere. Außerdem bilden sie, wie der Name schon sagt, Milchsäure, die den pH der Schleimhaut senkt und somit auch zur chemischen Barriere beiträgt. Schützt die Milchsäurebarriere nicht ausreichend, können Pilzinfektionen die Folge sein. Zur Vorbeugung können daher (prophylaktisch) Milchsäurezäpfchen verwendet werden.