Während oder nach einer Antibiotika-Behandlung kommt es gehäuft zu Beschwerden des Verdauungstraktes wie Durchfall, Übelkeit oder Bauchschmerzen. Der Grund für diese Symptome ist häufig in der Schädigung des Mikrobioms durch die eingenommenen Antibiotika zu finden. Diese schädigen nicht nur unerwünschte Keime, sondern prinzipiell erstmal alle antibiotikasensiblen Keime im Körper. Daher kommt es auch zu einer Schädigung des nützlichen Mikrobioms des Darms. Dieses muss sich nach der Behandlung erst wieder regenerieren und ist während dieser Phase anfällig gegenüber bestimmten pathologischen Bakterien.

Ist das Mikrobiom zu sehr geschädigt, bedarf es einer Darmflora-Aufbautherapie oder der Einnahme von Probiotika als prophylaktische Schutzmaßnahme. Daher sollte die Antibiotika-Einnahme stets gewissenhaft abgewogen werden.