Bei einer Allergie reagiert das Immunsystem auf harmlose Substanzen wie Pollen, Hausstaubmilben oder Tierhaare (eigentlich eher auf Stoffe im Speichel, der an den Tierhaaren klebt). Dabei geht das Immunsystem ähnlich vor wie bei der Bekämpfung von Parasiten und löst am Ort des Antigenkontaktes eine Entzündungsreaktion aus. Dabei läuft die Immunantwort über Mastzellen ab und Histamin wird zur Informationsübertragung genutzt. Histamin bewirkt aber auch das Tränen und Jucken der Augen, die massive Schleimproduktion in der Nase und den Niesreiz. Daher werden häufig auch Antihistaminika zur Symptombehandlung bei Allergien eingesetzt. Zur Antigenerkennung fungiert auf den Mastzellen IgE als Rezeptor. Bindet ein Allergen an das membrangebundene IgE, wird die Mastzelle aktiv und schüttet Histamin aus.

Bei besonders schweren Symptomen und bei der Entstehung von Erkrankungen (z. B. Asthma) kann man eine Allergie auch kausal behandeln. Hierbei wird die Hypersensibilisierung (auch Desensibilisierung oder spezifische Immuntherapie [SIT]) eingesetzt. Bei dieser Behandlung wird dem Allergiker über einen längeren Zeitraum (Jahre) das Allergen (das Antigen, auf das allergisch reagiert wird) verabreicht. Dies geschieht entweder über eine regelmäßige Injektion (subkutan) in den Oberarm oder in Tablettenform. Die gewählte Dosis ist zu Beginn sehr gering und wird über die Zeit hinweg immer weiter gesteigert, bis der Allergiker auch hohe Dosen des Allergens toleriert. Der Körper wird so allmählich an das Antigen gewöhnt. Außerdem werden IgG-Antikörper gebildet, die die Allergene neutralisieren und für Phagozyten opsonieren. Die Allergiereaktion wird so gemindert.