Wie bereits erwähnt, differenzieren sich T-Zellen im Thymus, in dem sie auch lernen, zwischen körpereigen und körperfremd zu unterscheiden (Selbsttoleranz). Die T-Zellen, die körpereigene Strukturen erkennen und dagegen vorgehen (autoimmune T-Zellen), werden dabei „aussortiert“ und eliminiert. Es kann aber auch vorkommen, dass manche autoimmune T-Zellen durch die Qualitätskontrolle „durchrutschen“ und dann im Organismus körpereigene Antigene „angreifen“. Wenn das passiert, können Körperzellen vom Immunsystem erkannt und zerstört werden: Es stellt sich eine sogenannte Autoimmunität bzw. eine Autoimmunerkrankung ein. Gewebe und sogar ganze Organe können so geschädigt werden. Beispiele für Autoimmunerkrankungen sind unter anderem Diabetes mellitus Typ 1 (Autoimmunität gegenüber insulinproduzierende Beta-Zellen des Pankreas) und die multiple Sklerose (Autoimmunität gegen die Myelinscheide von motorischen Nerven). Betroffene sind häufig lebenslang auf die Einnahme von Immunsupressiva (Bsp. Kortisonpräparate) angewiesen, die die Immunaktivität herabsetzen.